Después de volver a casa, la tripulación del USS Enterprise encuentra a una fuerza imparable que ha atacado la Flota Estelar dejando al planeta Tierra sumido en el caos. John Harrison, fue uno de los mejores agentes de la Flota Estelar que, por razones que de momentos desconocemos, se vuelve contra la organización e intentará destruirla desde sus cimientos. Y para conseguir su objetivo no dudará en arrasar con todo lo que encuentre a su paso. El capitán James T. Kirk y la tripulación del Enterprise deberán dirigir la caza mortal para capturar al responsable del ataque y restablecer el orden.